肠衣的使用及贮存方法是否得当对肠衣作用的发挥也是很重要的。肠衣的存放环境一般要求在干燥、通风、避光处贮存。如何使用请根据肠衣厂推荐的方法进行。不当的使用会给香肠的品质带来不良的影响。①肠衣在使用前或使用时被碰伤，重者会在灌肠或在杀菌过程中造成肠衣爆裂，轻者会在香肠存放或销售过程中因肠衣结构被破坏而使其阻隔性下降，香肠会提前氧化变质或细菌进入香肠内部造成香肠腐败从而失去食用价值。②肠衣在高温、潮湿的条件下贮存会使香肠变形、收缩率下降、规格发生变化。③肠衣长时间的贮存，由于贮存条件的不完备，会使肠衣变形，造成损失。